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筑波大学 生命環境系
生物科学専攻 丹羽研究室

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研究業績

発表論文についてはResearchgateおよびGoogle Scholarにも情報がまとまっています。学会発表については筑波大学研究者総覧をご覧下さい。

発表論文

2017

[49] Uryu O, Kamiyama T, Komura-Kawa T, Niwa R¶ et al. submitted
 瓜生-上山-小村論文。

[48] Enya S*, Yamamoto C*, Morohashi K, Hirano T, Shimada-Niwa Y, Niwa R¶ et al. (*equal contribution) submitted
 塩谷-山本論文。

[47] Imura E*, Yoshinari Y*, Niwa YS*, Niwa R¶ (*equal contribution) (2017) Protocols for Visualizing Steroidogenic Organs and Their Interactive Organs with Immunostaining in the Fruit Fly Drosophila melanogaster. Journal of Visualized Experiments 122: e55519. doi:10.3791/55519
 井村-吉成-島田がまとめた実験手技に関する論文が受理になりました。ショウジョウバエ幼虫の前胸腺を解剖学的に露出させる手技、幼虫全体で組織位置を極力保ったままのサンプルを作るフィレ作成の手技、そして成虫卵巣を取り出す手技をビデオ映像で解説しているユニークな内容です。特に新人教育には好適のはずです。

[46] Ameku T, Yoshinari Y, Fukuda R, Niwa R¶ (2017) Ovarian ecdysteroid biosynthesis and female germline stem cells. Fly. doi: 10.1080/19336934.2017.1291472
 生殖幹細胞に関する天久のPLOS Genetics 論文の内容に基づく follow-up study について、短報を発表しました。交尾後の経過時間ごとに卵巣エクジステロイドには多面的な作用があることが示唆されます。

2016

[著書] 丹羽隆介「昆虫でのゲノム編集の利用」、山本卓編『ゲノム編集入門』裳華房 pp. 56-72. https://www.shokabo.co.jp/mybooks/ISBN978-4-7853-5866-2.htm
 日本でのゲノム編集技術の導入・発展に尽力しておられる山本卓先生からお声がけ頂き、昆虫の章を執筆させていただきました。ゲノム編集の専門家でもないのに大変に恐縮でしたが、非専門家向けの教科書的知見を整理したつもりです。学類生の上山が図の提供で貢献してくれました。本書の含まれる原稿は(私のはともかく)いずれも有益なものばかりですが、特に CRISRP発見に多大な貢献をされた石野良純先生の歴史的経緯を踏まえた第2章は必読です。

[45] Niwa YS, Niwa R¶ (2016) Ouija board: A transcription factor evolved for only one target in steroid hormone biosynthesis in the fruit fly Drosophila melanogaster. Transcription 7: 196-202. doi:10.1080/21541264.2016.1210370
 昨年に報告した小村の Ouija board に関する仕事について、研究員島田がより一般向けの総説を書きました。島田作のFigure 1の模式図はなかなかうまいと思います。オープンアクセスで閲覧できます。

[和文総説] 丹羽隆介¶ (2016) 昆虫エクジステロイド生合成にかかわる酵素群と昆虫成長制御剤の開発. 化学と生物 Vol.54 No.7 Page. 508 - 513. doi:10.1271/kagakutoseibutsu.54.508
 日本農芸化学会の学会誌『化学と生物』に、エクジステロイド生合成酵素に関する最新の知見と、これらの酵素群を標的とした昆虫成長制御剤(つまりは農薬)の開発戦略に関する現時点の戦略(妄想)を書かせてもらいました。

[和文総説] 井村英輔¶、島田(丹羽)裕子¶、丹羽隆介¶ (2016) 環境に応じて昆虫の発育を司るステロイドホルモンの生合成調節メカニズム」生物科学、67: 177-183. http:www.ruralnet.or.jp/seibutsu/067_03.htm
 エクジステロイド生合成の環境応答に関して、研究員島田の論文[37]を中心としながら、現状の知見をM1井村と島田が和文で整理しました。

[和文総説] 笹倉靖徳¶、丹羽隆介¶ (2016) 動物の成熟研究が迎える新たな命題. 生物科学、67: 130-132. http:www.ruralnet.or.jp/seibutsu/067_03.htm
 本学下田臨海実験センターの笹倉さんをサポートする形で、『生物科学』における動物成熟に関する特集号の編纂に少し関わりました。本特集の巻頭言と動物成熟研究の向かう方向性について、ほとんど笹倉さんが書き上げたものながら、僭越ながら笹倉さんと連名で出させていただきました。

[44] Ameku T, Niwa R¶ (2016) Mating-Induced Increase in Germline Stem Cells via the Neuroendocrine System in Female Drosophila. PLOS Genetics 12: e1006123. doi:10.1371/journal.pgen.1006123
 D2天久の生殖幹細胞の論文です。この数年来、脱皮と変態以外の研究室の方向性を模索してきましたが、ようやく新しいプロジェクトから成果を公表することができました。ショウジョウバエのメスの生殖幹細胞の増殖が精液成分である Sex Peptide によって刺激されること、そしてこのプロセスには(他の交尾後行動変化と同様に)Sex Peptideを受容する神経系が関与することを示しました。また、その神経伝達の下流で卵巣内でエクジステロイド生合成が促進されることが生殖幹細胞増殖に重要であることも示しました。生殖幹細胞と神経内分泌機構を結びつけた点で重要な意義があると自負しています。Sex Peptideとエクジソン生合成の関係性については今後の重要な課題として残されましたが、すでに面白い後続が続きそうな感触を得ています。詳細は筑波大学 注目の研究JSTからのプレスリリースをご覧ください。英国 The Company of Developmental Biologists のサイト「The Node」での天久自身の紹介記事もぜひご笑覧ください。報道紹介:科学新聞2016年7月8日

[43] Niwa YS¶, Niwa R¶ (2016) Transcriptional regulation of insect steroid hormone biosynthesis and its role in controlling timing of molting and metamorphosis. Develop. Growth Differ. 58: 94-105. doi:10.1111/dgd.12248
 エクジステロイド生合成の転写制御について総説を書きました。現在までの知見についてはほぼ網羅していると思います。この論文もオープンアクセスで閲覧していただけます。

2015

[42] Komura-Kawa K, Hirota K, Shimada-Niwa Y, Yamauchi R, Shimell M, Shinoda T, Fukamizu A, O’Connor MB, Niwa R¶ (2015) The Drosophila Zinc Finger Transcription Factor Ouija Board Controls Ecdysteroid Biosynthesis through Specific Regulation of spookier. PLOS Genetics 11:e1005712. doi:10.1371/journal.pgen.100571210
 修士課程を今春卒業した小村の Ouija Board 論文です。TARAセンターの深水研究室の皆さん、そしてミネソタの Michael O'Connor 博士の多大なるご協力をいただきました。無脊椎動物において、ステロイドホルモン生合成に役割を特化させた転写因子としてはじめての報告だと思います。また、Ouija board が制御する下流の遺伝子は spookier のみではないかというアイデアを強く支持する遺伝学的データを記載していますが、詳しい遺伝子発現解析などは今後の課題です。Spookier=おばけを誘発するタンパク質ということで、西洋の降霊術で使われる「ウィジャボード」を名前として採用させていただきました。詳細は筑波大学 注目の研究JSTからのプレスリリースをご覧ください。報道紹介:化学工業日報2015年12月14日、日経バイオテクオンライン2015年12月14日、日経産業新聞2015年12月16日、農業協同組合新聞2015年12月22日、日本農業新聞2015年12月30日、常陽新聞2016年1月7日

[41] Uryu O*, Ameku T*, Niwa R¶ (2015) Recent progress in understanding the role of ecdysteroids in adult insects: Germline development and circadian clock in the fruit fly Drosophila melanogaster. Zoolog Lett 1:32. doi:10.1186/s40851-015-0031-2 *Equal contribution.
 発生を終えてもはや脱皮も変態もしない成虫におけるエクジステロイドの役割について、特に生殖幹細胞の発達と体内時計の制御に焦点を当てて最新の知見をまとめてみました。Zoological Letters は動物学会の刊行する新しい雑誌で、この論文はオープンアクセスで閲覧できます。

[40] Fujikawa Y, Morisaki F, Ogura A, Morohashi K, Enya S, Niwa R, Goto S, Kojima H, Okabe T, Nagano T, Inoue H. (2015) A practical fluorogenic substrate for high-throughput screening of glutathione S-transferase inhibitors. Chem Commun. 51: 11459-11462. doi: 10.1039/c5cc02067k.
 東京薬科大学の藤川雄太先生と井上英史先生、および東京大学創薬機構の先生方を中心とした共同研究に、諸橋が参加しました。グルタチオンS-転移酵素の活性を迅速かつ高感度に測定できる新しい蛍光プローブの報告です。昆虫 GST の代表例として、我らが Noppera-bo を用いたデータを含めていただきました。今後の Noppera-bo の生化学的・薬理学的解析の足かがりとなる論文であり、異分野交流の成果として我々にとってもとても重要な内容です。

[39] Enya S, Daimon T, Igarashi F, Kataoka H, Uchibori M, Sezutsu H, Shinoda T, Niwa R¶ (2015) The silkworm glutathione S-transferase gene noppera-bo is required for ecdysteroid biosynthesis and larval development. Insect Biochem Mol Biol. 61:1-7. doi:10.1016/j.ibmb.2015.04.001
 昨年のショウジョウバエの noppera-bo に続いて、カイコガの noppera-bo の機能解析を報告しました。農業生物資源研究所の大門高明博士らのご協力の元、TALEN 法を用いてカイコガの突然変異株の作出に成功しました。ショウジョウバエの生合成に関わることが明示的な遺伝子の突然変異株は non-molting glossy に続いて2例目だと思います。卒業した塩谷に卒業式の日まで実験してもらうことになってしまいましたが、ハエ目昆虫だけでなくチョウ目昆虫において noppera-bo が重要であることをきちんと示しました。本当はもっと別の目的があった仕事だったのですが、そちらについては残念ながら今のところお蔵入りです。

[38] Ohhara Y, Shimada-Niwa Y, Niwa R, Kayashima Y, Hayashi Y, Akagi K, Ueda H, Yamakawa-Kobayashi K, Kobayashi S. (2015) Autocrine regulation of ecdysone synthesis by β3-octopamine receptor in the prothoracic gland is essential for Drosophila metamorphosis. Proc Natl Acad Sci USA. 112: 1452-1457. doi:10.1073/pnas.1414966112
 静岡県立大学の小林公子先生および学生だった大原裕也さん、基礎生物学研究所(当時)の小林悟先生らの仕事に参加しました。昨年の我々自身のセロトニンの解析に続いて、別のモノアミンであるチラミン/オクトパミンもエクジステロイド生合成に必須であることを示す極めて重要な成果です。セロトニンは神経から前胸腺に働きかけると考えていますが、チラミン/オクトパミンは前胸腺自身から分泌されて autocrine に作用すると考えられます。autocrine なステロイドホルモン生合成因子の解明という点でも重要です。詳細は基礎生物学研究所からのプレスリリースをご参照ください。

2014

[37] Shimada-Niwa Y¶, Niwa R¶ (2014) Serotonergic neurons respond to nutrients and regulate the timing of steroid hormone biosynthesis in Drosophila. Nature Communications 5: 5778 doi:10.1038/ncomms6778
 研究員の島田が長らく取り組んできた重要な成果を、ジャーナルの掲載までの苦しい格闘を経て、ようやく公表することができました。栄養依存的なステロイドホルモン生合成の調節に関わるセロトニン神経経路の同定であり、「はらぺこあおむし」のストーリーの背後にある神経内分泌経路の一端を解明と言えるのではと思います。また、従来から着目されていたペプチドホルモンだけでなく、モノアミン類もステロイドホルモン生合成に重要な役割を果たすことを明瞭に示した点でも意義深いと自負しています。詳細はJSTからのプレスリリース筑波大学 注目の研究をご覧ください。報道紹介:JSTサイエンスポータル2014年12月16日財経新聞2014年12月18日EconomicNews2014年12月21日日刊工業新聞2014年12月22日日本経済新聞2014年12月28日科学新聞2015年1月1日(ウェブ8日)nature asia 注目の研究2015年2月4日太田出版『ケトル』Vol23「日本最先端の頭の中身」2015年2月14日

[36] Enya S, Ameku T, Igarashi F, Iga M, Kataoka H, Shinoda T, Niwa R¶ (2014) A Halloween gene noppera-bo encodes a glutathione S-transferase essential for ecdysteroid biosynthesis via regulating the behaviour of cholesterol in Drosophila. Sci Rep. 4:6586. doi:10.1038/srep06586
 大学院生の塩谷君が解析していた新規エクジステロイド生合成調節因子 Noppera-bo の論文です。Noppera-bo の名前の由来については筑波大学プレスリリース農業生物資源研究所プレスリリースをご覧ください。Halloween 遺伝子群に属する遺伝子として、Nusselein-Volhard-Wieshaus collection に由来しないはじめて事例を発掘することが出来ました。一方で、Noppera-boはGSTという酵素をコードしていますが、その基質が何なのか、そしてその基質がいかにしてコレステロールの動態を調節するのかは、まだ未解決の問題です。報道紹介:財経新聞2014年10月14日、化学工業日報2014年10月20日

[35] Niwa R¶, Niwa YS. (2014) Enzymes for ecdysteroid biosynthesis: their biological functions in insects and beyond. Biosci Biotechnol Biochem. 78: 1283-1292. PMID: 25130728
 エクジステロイド生合成酵素についての最新の知見を、昆虫以外の生物も含めた進化的な視座を踏まえて整理してみました。ユニークな観点でまとめらたのではないかと自負しています。是非ご笑覧ください。

[34] Danielsen ET, Moeller ME, Dorry E, Komura-Kawa T, Fujimoto Y, Troelsen JT, Herder R, O'Connor MB, Niwa R, Rewitz KF. (2014) Transcriptional control of steroid biosynthesis genes in the Drosophila prothoracic gland by ventral veins lacking and knirps. PLoS Genet. 10: e1004343. PMID: 24945799
 デンマークの Kim Rewitz のグループの研究に大学院生の小村君と共に参加させてもらいました。エクジステロイド生合成遺伝子の制御に関わる新しい転写因子の報告です。2012年のミネソタでの学会での Kim との coffee break での立ち話の折、彼らの研究の過程で取得できていなかったデータを丁度我々が持ち合わせていることに気付いたのでした。

[33] Niwa YS¶, Niwa R¶ (2014) Neural control of steroid hormone biosynthesis during development in the fruit fly Drosophila melanogaster. Genes Genet Syst. 2014;89: 27-34. PMID: 24817759
 日本遺伝学会の英語機関誌に、ショウジョウバエのエクジステロイド生合成の神経支配について、やや大胆(妄想?)な仮説も交えて紹介させていただきました。

2013

[32] Suetsugu Y, Futahashi R, Kanamori H, Kadono-Okuda K, Sasanuma SI, Narukawa J, Ajimura M, Jouraku A, Namiki N, Shimomura M, Sezutsu H, Osanai-Futahashi M, Suzuki MG, Daimon T, Shinoda T, Taniai K, Asaoka K, Niwa R, Kawaoka S, Katsuma S, Tamura T, Noda H, Kasahara M, Sugano S, Suzuki Y, Fujiwara H, Kataoka H, Arunkumar KP, Tomar A, Nagaraju J, Goldsmith MR, Feng Q, Xia Q, Yamamoto K, Shimada T, Mita K. (2013) Large Scale Full-Length cDNA Sequencing Reveals a Unique Genomic Landscape in a Lepidopteran Model Insect, Bombyx mori. G3 (Bethesda) 3: 1481-92. PMID: 23821615
 (独)農業生物資源研究所にいらっしゃった三田和英先生を中心としたカイコガ 完全長 cDNA ライブラリーの整備のごく一端に関わらせていただきました。

2012

[31] Lang M, Murat S, Clark AG, Gouppil G, Blais C, Matzkin LM, Guittard E, Yoshiyama-Yanagawa T, Kataoka H, Niwa R, Lafont R, Dauphin-Villemant C, Orgogozo V. (2012) Mutations in the neverland gene turned Drosophila pachea into an obligate specialist species. Science 337: 1658-1661. PubMed
 フランスのパリディドロ大学の Virginie Orgogozo 博士を中心とした研究に参加し、サボテンショウジョウバエにおける neverland 遺伝子の進化が、サボテンという特殊な環境へのショウジョウバエの進化に密接に関連することを見出しました。我らが neverland がついに進化にまで絡んでくれて、感激です。応動昆のサイトに紹介記事を書きました。また、筑波大学 Facebook でも紹介していただきました。報道紹介:DiscoverMagazine2012年9月28日日本経済新聞2012年10月1日

[30] Sugiyama T, Sugioka-Sugiyama R, Hada K, Niwa R. (2012) Rhn1, a nuclear protein, is required for suppression of meiotic mRNAs in mitotically dividing fission yeast. PLoS One. 2012;7: e42962. PubMed
 本学の杉山智康先生の研究に参加させていただき、減数分裂過程に特異的な mRNA 分解制御機構に関わる遺伝子の C. elegans での解析をお手伝いしました。

[29] Manabu Kamimura, Saito H, Ryusuke Niwa, Toshiki Niimi, Toyoda K, Ueno C, Kanamori Y, Shimura S and Makoto Kiuchi (2012) Fungal ecdysteroid-22-oxidase: a new tool for manipulating ecdysteroid signaling and insect development. J. Biol. Chem. 287: 16488-16498. PubMed
 (独)農業生物資源研究所の神村学さんたちの共同研究に参加し、ショウジョウバエの部分の仕事をしました。緑きょう菌というカビは昆虫に感染すると昆虫の発育を停止させますが、その原因は緑きょう菌の持つエクジソン不活化酵素 ecdysteroid 22-oxidase にあります。今回の仕事は、この酵素を昆虫に自在に導入することで、エクジステロイド量をコントロールすることを示したものです。今後の昆虫ステロイドホルモン研究の強力なツールとなることが期待されます。報道紹介:マイナビニュース2012年7月10日

[28] Takaaki Daimon, Kozaki T, Ryusuke Niwa, Isao Kobayashi, Furuta K, Toshiki Namiki, Uchino K, Yutaka Banno, Susumu Katsuma, Toshiki Tamura, Kazue Mita, Hideki Sezutsu, Nakayama M, Kyo Itoyama, Toru Shimada and Tetsuro Shinoda (2012) Precocious Metamorphosis in the Juvenile Hormone-Deficient Mutant of the Silkworm, Bombyx mori. PLoS Genet. 8: e1002486. PubMed
 (独)農業生物資源研究所の大門高明さんと篠田徹郎さん、東大農学部嶋田透先生たちの共同研究に参加させてもらいました。reliable な遺伝子の変異による幼若ホルモン生合成不全突然変異株のはじめての報告です。

2011

[27] Niwa R¶, Enya S (2011) A mitochondrial carrier gene, CG32103, is highly expressed in the corpora allata in the fruit fly Drosophila melanogaster (Diptera: Drosophilidae). Appl. Entomol. Zool. 46: 573-580. SpringerLink
 幼若ホルモンの生合成器官であるアラタ体で非常に強く発現するミトコンドリアトランスポーターを同定しました。フランスの Feyereisen たちが提唱した「幼若ホルモン生合成の律速段階はミトコンドリアにおける膜輸送にある」という仮説を支持できるかも知れない極めて重要な知見になると今も信じていますが、表現型レベルの解析ではどうにも詰め切れず、発現解析の段階で公表しました。

[26] Ryusuke Niwa¶, Takashi Sakudoh, Takeshi Matsuya, Toshiki Namiki, Shinji Kasai, Takashi Tomita and Hiroshi Kataoka (2011) Expressions of the cytochrome P450 monooxygenase gene Cyp4g1 and its homolog in the prothoracic glands of the fruit fly Drosophila melanogaster (Diptera: Drosophilidae) and the silkworm Bombyx mori (Lepidoptera: Bombycidae). Appl. Entomol. Zool. 46: 533-543. SpringerLink

[25] Takuji Yoshiyama-Yanagawa, Sora Enya, Yuko Shimada-Niwa, Shunsuke Yaguchi, Yoshikazu Haramoto, Takeshi Matsuya, Kensuke Shiomi, Yasunori Sasakura, Shuji Takahashi, Makoto Asashima, Hiroshi Kataoka and Ryusuke Niwa¶ (2011) The conserved Rieske oxygenase DAF-36/Neverland is a novel cholesterol metabolizing enzyme. J. Biol. Chem. 286: 25756-25762. PubMed
 研究員の柳川さんと大学院生の塩谷君が中心になって取り組んだ仕事ですが、国内外の様々な方々との共同研究として実現しました。DAF-36/Neverland がステロイドホルモン生合成におけるコレステロールから 7-デヒドロコレステロールへの変換酵素であることを、生化学的に実証しました。仕事の breakthrough は、アッセイ系における1つの試薬の添加という何とも trivial なものでした。過去の文献を読むのは大事です。論文化に当たっては大震災による種々の混乱もありましたが、よく乗り越えてくれたと安堵しています。

[24] Yuko Shimada, K. Mahara Burn, Ryusuke Niwa and Lynn Cooley (2011) Reversible response of protein localization and microtubule organization to nutrient stress during Drosophila early oogenesis. Dev. Biol. 355: 250-262. PubMed
 研究員の島田さんのアメリカ時代からの仕事をまとめた論文。昆虫に限らず、動物の卵形成は外界の栄養環境に依存して柔軟な調節を受けています。例えば、栄養環境が悪い状態にいる雌は、卵形成の量を抑えることによって、個体の生存を確保しようとします。今回の論文は、ショウジョウバエの卵形成の際の物質輸送が栄養状態に応じて極めて迅速に変化すること、その変化には微小管ネットワークの再編成を伴うこと、そしてこうした変化にインスリンシグナルが絡むことを報告しています。

[23] Ryusuke Niwa¶ and Yuko S. Niwa (2011) The Fruit Fly Drosophila melanogaster as a Model System to Study Cholesterol Metabolism and Homeostasis. Cholesterol 2011: Article ID 176802. PubMed
 ショウジョウバエを用いたコレステロール代謝研究について、短い総説を書きました。Conceptual に何か新しいものを提示しているという訳ではないですが、現状までの代表的な研究をコンパクトに整理できたとは思います。

2010

[22] Ryusuke Niwa¶ and Kazumasa Hada (2010) Identification of a spatio-temporal enhancer element for the Alzheimer's amyloid precursor protein-like-1 gene in the nematode Caenorhabditis elegans. Biosci Biotechnol Biochem. 74: 2497-2950. PubMed
 研究員の波田さんの続編。apl-1 の上流に核内受容体の結合サイトらしきものを見つけて、しかもそこが機能的には重要だというところまでは示せました。

[21] Kazumasa Hada, Masako Asahina, Hiroshi Hasegawa, Yasunori Kanaho, Frank J. Slack and Ryusuke Niwa¶ (2010) The nuclear receptor gene nhr-25 plays multiple roles in the C. elegans heterochronic gene network to control the larva-to-adult transition. Dev. Biol. 344: 1100-1109. PubMed
 研究員の波田さんの論文。これまでのヘテロクロニック遺伝子にはない極めて複雑な挙動、すなわち nhr-25 という単一の遺伝子が、成虫化プログラムの個別の内容に応じて、成虫への移行を正にも負にも制御する…という現象を報告しました。これまでのヘテロクロニック遺伝子カスケードでは考えられない複雑さを明らかにしました。

[20] Ryusuke Niwa¶, Toshiki Namiki, Katsuhiko Ito, Yuko Shimada-Niwa, MakotoKiuchi, Shinpei Kawaoka, Takumi Kayukawa, Yutaka Banno, Yoshinori Fujimoto, Shuji Shigenobu, Satoru Kobayashi, Toru Shimada, Susumu Katsuma and Tetsuro Shinoda¶. (2010). Non-molting glossy/shroud encodes a short-chain dehydrogenase/reductase that functions in the "Black Box" of the ecdysteroid biosynthesis pathway. Development 137: 1991-1999. PubMed
 「ブラックボックス」に関与する新しいエクジステロイド生合成酵素 Non-molting glossy/Shroud に関する論文。カイコとショウジョウバエの両方の突然変異株の解析が非常にうまい融合を果たしてくれました。多くの共著者のお力で実現したプロジェクトですが、特に生物研篠田徹郎研の並木俊樹君(当時研究員)、そして東大農学部の勝間進先生・嶋田透先生の研究室の伊藤克彦君(当時院生)の多大な貢献の賜物です。

2009

[19] Ryusuke Niwa¶, Kazumasa Hada, Kouichi Moliyama, Ryosuke L. Ohniwa, Yi-Meng Tan, Katherine Olsson Carter, Woo Chi, Valerie Reinke and Frank J. Slack¶. C. elegans sym-1 is a downstream target of the Hunchback-like-1 developmental timing transcription factor. Cell Cycle 8: 4147-4154. PubMed
 Yale の Frank Slack ラボ時代にやり残していたマイクロアレイの解析を筑波で継続した成果。ヘテロクロニック転写因子である HBL-1 の下流の探索の試みで、heat shock promoter による conditional overexpression についてのレポートにはそれなりの価値があるはず。はっきりとした遺伝学的相互作用を示せた分泌タンパクをコードする sym-1 遺伝子の具体的な機能解析は、今後の課題として取り組みたいと思っています。筑波大学の当グループのメンバーの名前(波田さん、川端さん)をクレジットした論文をはじめて出せたことは、素直に喜ばしく思います。人間総合科学研究科の大庭良介君にもバイオインフォマティクスの部分で大変にお世話になり、コラボレーターに恵まれている筑波大学の環境にも感謝する1本。

[18] Toshiki Namiki‡, Ryusuke Niwa‡, Atsushi Higuchi, Takuji Yoshiyama, Kazuei Mita and Hiroshi Kataoka. (2009) A basic-HLH transcription factor HLH54F is highly expressed in the prothoracic gland in the silkworm Bombyx mori and the fruit fly Drosophila melanogaster. Biosci. Biotechnol. Biochem. 73: 762-765. ‡equal contribution. PubMed
 農業生物資源研究所の三田和英先生の整備したカイコ EST データベースを利用した前胸腺特異的遺伝子の探索の試み。同じ clot に分類される EST 群を組織別に分類して、前胸腺由来のライブラリーに豊富に存在する EST を抽出することで遺伝子を同定する、というアイデアはなかなか悪くないので、小さい論文ながら個人的には結構気に入っています。

塩谷天、丹羽隆介 (2009) マイクロ RNA と TRIM-NHL タンパク質.実験医学 27: 1731-1732.

島田(丹羽)裕子、丹羽隆介 (2009) 生物の体の成長と栄養状態をつなぐ分子メカニズム.実験医学 27: 1240-1241.

2008

[17] Ryusuke Niwa, Teruyuki Niimi, Naoko Honda, Michiyo Yoshiyama, Kyo Itoyama, Hiroshi Kataoka and Tetsuro Shinoda. (2008) Juvenile hormone acid O-methyltransferase in Drosophila melanogaster. Insect Biochem. Mol. Biol. 38: 714-720. PubMed
 農業生物資源研究所の篠田徹郎先生の同定された幼若ホルモンメチル化転移酵素 JHAMT のショウジョウバエホモログの仕事に関わらせていただきました。幼若ホルモン生合成酵素とはっきり分かっている遺伝子としては、おそらくはじめての分子遺伝学的解析だったという意義は十分にあったし、jhamt 過剰発現で表現型が出たのは目出たいです。

筑波大学に来る前の英文原著論文(chronological order)

[1] Ryusuke Niwa, Kyoko Nagata-Ohashi, Masatoshi Takeichi, Kensaku Mizuno, and Tadashi Uemura. (2002) Control of actin reorganization by Slingshot, a novel family of phosphatases that dephosphorylate ADF/cofilin. Cell 108: 233-246. PubMed

[2] Mitsuharu Endo, Kazumasa Ohashi, Yukio Sasaki, Yoshio Goshima, Ryusuke Niwa, Tadashi Uemura, and Kensaku Mizuno. (2003) Control of Growth Cone Motility and Morphology by LIM-kinase and Slingshot via Phosphorylation and Dephosphorylation of Cofilin. J. Neuroscience 23: 2527-2537

[3] Kaoru Sugimura, Misato Yamamoto, Ryusuke Niwa, Daisuke H. Sato, Yuko Yamaguchi, Satoshi Goto, Misako Taniguchi, Shigeo Hayashi, and Tadashi Uemura. (2003) Distinct developmental modes and lesion-induced reactions of dendrites of two classes of Drosophila sensory neurons. J. Neuroscience 23: 3752-3760.

[4] Noriko Kaji, Kazumasa Ohashi, Mika Shuin, Ryusuke Niwa, Tadashi Uemura, Kensaku Mizuno (2003) Cell cycle-associated changes in slingshot phosphatase activity and roles in cytokinesis in animal cells. J. Biol. Chem. 278: 33450-33455.

[5] Yusaku Ohta, Kazuyoshi Kousaka, Kyoko Nagata-Ohashi, Kazumasa Ohashi, Aya Muramoto, Yasuyuki Shima, Ryusuke Niwa, Tadashi Uemura and Kensaku Mizuno (2003) Differential activities, subcellular distribution and tissue expression patterns of three members of Slingshot family phosphatases that dephosphorylate cofilin. Genes Cells 8: 811-824.

[6] Michiru Nishita, Yan Wang, Chinatsu Tomizawa, Akira Suzuki, Ryusuke Niwa, Tadashi Uemura and Kensaku Mizuno (2004) Phosphoinositide 3-kinase-mediated activation of cofilin phosphatase Slingshot and its role for insulin-induced membrane protrusion. J. Biol. Chem. 279: 7193-7198.

[7] Kyoko Nagata-Ohashi, Yusaku Ohta, Kazumichi Goto, Shuhei Chiba, Reiko Mori, Michiru Nishita, Kazumasa Ohashi, Kazuyoshi Kousaka, Akihiro Iwamatsu, Ryusuke Niwa, Tadashi Uemura and Kensaku Mizuno (2004) A pathway of neuregulin-induced activation of cofilin-phosphatase Slingshot and cofilin in lamellipodia. J. Cell Biol. 165: 465-471.

[8] Ryusuke Niwa¶, Takahiro Matsuda, Takuji Yoshiyama, Toshiki Namiki, Kazuei Mita, Yoshinori Fujimoto and Hiroshi Kataoka¶ (2004) CYP306A1, a cytochrome P450 enzyme, is essential for ecdysteroid biosynthesis in the prothoracic glands of Bombyx and Drosophila. J. Biol. Chem. 279: 35942-35949. PubMed
 
ポスドクになってからの最初の成果。カイコで遺伝子を取り、ショウジョウバエで解析する、というアイデアのはじまりであり、また自分自身が corresponding author となって書いた始めての論文でもあり、思い出深い。Cyp306a1/phantom の解析自体は、O'Connor の Halloween mutant の流れに完全に乗っていて、オリジナリティが高くないのは正直認めねばならない。それでも、学位を取ってなお、周囲の同期の学位取得者にに比べて余りに未熟なところの多い自分にとって、様々な勉強をさせてもらって本当に良かった。

[9] Naoki Yamanaka, Yuejin Hua, Akira Mizoguchi, Ken Watanabe, Ryusuke Niwa, Yoshiaki Tanaka and Hiroshi Kataoka (2005) Identification of a novel prothoracicostatic hormone and its receptor in the silkworm Bombyx mori. J. Biol. Chem. 280: 14684-14690. PubMed

[10] Ryusuke Niwa¶, Takashi Sakudoh, Toshiki Namiki, Kana Saida, Yoshinori Fujimoto and Hiroshi Kataoka¶ (2005) The ecdysteroidogenic P450 Cyp302a1/disembodied from the silkworm, Bombyx mori, is transcriptionally regulated by prothoracicotropic hormone. Insect Mol. Biol. 14: 563-571. PubMed
 Cyp306a1/phm
 の解析と併行して、カイコ前胸腺由来の EST の樹立にも着手する過程で、すでにショウジョウバエで取れていたエクジソン生合成遺伝子のオーソログが色々とあることに気付き、それを有効活用して書いた論文。片岡グループ(当時)の作道君と並木君と共に仕上げた。カイコならではの成果を挙げたいと、無い頭を色々と絞ってみた訳だが、PTTH による発現制御に切り込んでみたのは非常に意義があったと今でも思う。この路線でさらに何本か成果発表できる、、、はず。

[11] Toshiki Namiki‡, Ryusuke Niwa‡, Takahi Sakudoh, Ken-ichi Shirai, Hideaki Takeuchi and Hiroshi Kataoka (2005) Cytochrome P450 CYP307A1/Spook: a regulator for ecdysone synthesis in insects. Biochem. Biophys. Res. Commun. 337: 367-374. ‡equal contribution. PubMed
 
前胸腺で特異的に発現する遺伝子を網羅する試みのうち、マイクロアレイ以外に differential display も行ってみた成果の報告。一連の研究では東大の竹内秀明先生に本当にお世話になった。胚期では発現しているのに幼虫期では発現していない、という奇妙さの真相を我々の手では解決できなかったが、これはその後に O'Connor ラボでポスドクだった現京大の小野肇さんが極めて素晴らしく解決 (PubMed)。

[12] Takuji Yoshiyama, Toshiki Namiki, Kazuei Mita, Hiroshi Kataoka¶ and Ryusuke Niwa¶. (2006) Neverland is an evolutionally conserved Rieske-domain protein that is essential for ecdysone synthesis and insect growth. Development 133: 2565-2574. PubMed
 
今の筑波大学での研究の根幹となっている仕事の1つ。neverland は 線虫の daf-36 のオーソログ。論文の出版自体は Antebi のグループからの線虫の報告 (PubMed) に負けたのは悔しかったが、海外との競争関係を勉強させてくれたという意味で今はようやく肯定的に経験を捉えれるようになった。昆虫のステロイド合成における最初のステップであるコレステロール→7-デヒドロコレステロールの変換は P450 が担う、というのが Warren-Gilbert の予想だった。その予想は間違いだったとは主張するまでには至らないが、少なくとも我々の仕事から P450 だけですべてを説明することは出来ないと言えるのは間違いないだろう。2008 年の HHMI Janelia Farm の developmental timing のミーティングで、O'Connor と Antebi がそれぞれのトークでこの仕事を引用してくれた時には恥ずかしながら涙が出た。

[13] Naoki Yamanaka, Naoko Honda, Noe Osato, Ryusuke Niwa, Akira Mizoguchi and Hiroshi Kataoka. (2007) Differential Regulation of Ecdysteroidogenic P450 Gene Expression in the Silkworm, Bombyx mori. Biosci. Biotechnol. Biochem. 71: 2808-2814. PubMed

[14] Ryusuke Niwa and Frank J. Slack. (2007) The evolution of animal microRNA function. Curr. Opin. Genet. Dev. 17:145-150. PubMed

[15] Ryusuke Niwa, Feng Zhou, Chris Li and Frank J. Slack. (2008) The expression of the Alzheimer's Amyloid Precursor Protein-like gene is regulated by developmental timing microRNAs and their targets in Caenorhabditis elegans. Dev. Biol. 315: 418-425. PubMed

 

[16] Ryusuke Niwa and Frank J. Slack. (2008) Ins and outs of RNAi analysis. Cell, special issue: Evaluating Techniques in Biochemical Research (D.Zuk ed., Cell Press), http://www.cell.com/cellpress/ETBR

 

筑波大学に来る前の総説論文(chronological order)

丹羽隆介、上村匡 (2002) アクチン脱重合因子 ADF/コフィリンを脱リン酸化するフォスファターゼ Slingshot.実験医学 20: 2354-2356.

丹羽隆介、上村匡 (2004) コフィリンフォスファターゼ Slingshot と発生における細胞の形態調節.p108-113.「細胞骨格・運動がわかる その制御機構とシグナル伝達ネットワーク」(羊土社、編集:三木裕明)

丹羽隆介 (2005) 癌にかかわるマイクロ RNA.実験医学 23: 1546-1547.

丹羽隆介 (2005) 「不完全」マッチな microRNA も標的 mRNA を分解する.実験医学 23: 2802-2803.